对于骨髓炎，习惯上在最后一次 彻底清创术后使用肠外途径抗生素治疗4～8周。虽然有许多公开的研究，但几乎没有随机的研究支持现在的骨髓炎疗程。最可信的相关资料来自动物试验，Norden等在头孢噻啶治疗动物模型金黄色葡萄球菌性骨髓炎时，将实验分为2、4、6周组。结果显示头孢噻啶治疗时间越长，治疗结果越好。这项实验的动物模型没有外科治疗的介入，仅仅依靠抗生素自身来根除感染。目前最佳的抗生素使用时间还没完全确定。

　　不间断地将肠外途径用药改为口服用药治疗骨髓炎也是一种有效的治疗方案。 目前建议对长管状骨骨髓炎抗生素的疗程为4～6周。儿童病人为2周肠外途径抗生素及4周口服抗生素;成年病人过去为4～6周肠外途径抗生素，现在许多治疗中心实施2周肠外抗生素加4～6周口服抗生素。